La France est l’un des pays d’Europe où la consommation de benzodiazépines par les personnes âgées reste la plus élevée. Pour mieux dormir ou calmer l’anxiété, nombre d’entre elles s’en voient prescrire pendant des mois, voire des années, souvent sans que la mesure des risques associés à ces médicaments ne soit prise.

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En France, la prescription de benzodiazépines chez les personnes âgées est particulièrement élevée par rapport à celle observée dans les autres pays de l’OCDE. Ces médicaments voient pourtant leur efficacité diminuer avec le temps et exposent les seniors à de nombreux effets indésirables : risque accru de chutes et de fractures, troubles de la mémoire et des fonctions cognitives, ou encore dépendance.

Face à ces risques, l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) a lancé en avril 2025 une nouvelle campagne d’information visant à promouvoir le bon usage des benzodiazépines et à réduire leur consommation.

Trois études récentes menées par l’Institut de recherche et documentation en économie de la santé (Irdes) permettent de caractériser l’évolution de la consommation en France au cours des dernières années, d’identifier les situations les plus à risque de prescriptions potentiellement inappropriées et de mieux comprendre les leviers susceptibles de réduire ces prescriptions chez les seniors.

Voici ce qu’il faut en retenir.

Une consommation en baisse, mais toujours élevée en France

En France, la consommation de benzodiazépines chez les personnes âgées diminue, mais reste nettement plus élevée que dans la plupart des pays européens. Nos travaux révèlent qu’en 2022, 13 % des personnes âgées de 65 ans et plus ont reçu au moins une prescription potentiellement inappropriée de benzodiazépines au cours de l’année, soit une baisse de quatre points par rapport à 2012. Cette diminution s’inscrit dans une tendance observée dans l’ensemble des pays européens sur la même période.

Plusieurs politiques publiques ont contribué à cette évolution, notamment le ciblage des prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines dans la rémunération sur objectifs de santé publique (depuis 2012), la baisse du remboursement de certaines molécules et la diffusion de recommandations de bonnes pratiques par la Haute Autorité de santé (HAS), en particulier pour les troubles de l’anxiété et du sommeil. La HAS précise par ailleurs qu’en cas de prescription, la planification d’emblée de la stratégie de déprescription s’avère nécessaire afin que le traitement ne dépasse pas trois mois.

Malgré ces efforts, la France reste un pays à forte consommation : les prescriptions potentiellement inappropriées y sont environ deux fois plus fréquentes qu’en Suède et six fois plus qu’au Danemark.

Dans notre pays, la consommation de benzodiazépines varie fortement selon les territoires. Les taux de prescription les plus élevés, autour de 23 %, sont observés dans certaines régions comme la Bretagne, les Hauts-de-France, le Limousin, la Champagne-Ardenne, la Gironde ou le littoral sud, alors que la moyenne des zones de faible prescription s’établit autour de 14 %.

L’analyse des données indique que les bassins de vie dans lesquels les personnes âgées appartiennent plus souvent à la catégorie sociale des employés ou des ouvriers ont des taux standardisés de prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines plus importants. En outre, l’offre de soins, accessible dans les bassins de vie, joue aussi un rôle. Une meilleure accessibilité aux médecins généralistes, principaux prescripteurs, est associée à plus de prescriptions potentiellement inappropriées.

Deux types de prescriptions inappropriées chez les personnes âgées

Chez les personnes âgées, deux configurations de prescriptions sont considérées comme potentiellement inappropriées.

La première renvoie à la prescription de benzodiazépines à longue durée d’action. Ces médicaments qui mettent plus de temps à être éliminés par l’organisme sont très fortement déconseillés pour les personnes âgées de 65 ans et plus. En effet, avec l’âge, les fonctions hépatiques et rénales diminuent, ce qui allonge le temps d’élimination des médicaments. En raison de la sédation, de la faiblesse musculaire, de la confusion, les benzodiazépines augmentent le risque de chutes, qui sont une cause majeure de fractures du col du fémur et d’hospitalisation chez les personnes âgées.

La deuxième configuration porte sur la durée de prescription qui ne doit pas dépasser trois mois chez le sujet âgé, selon les recommandations nationales (Haute Autorité de santé) et internationales (American Society of Addiction Medicine).

Le rôle central du médecin généraliste dans la prescription

En France, les médecins généralistes sont à l’origine de plus de 80 % des prescriptions de benzodiazépines. Ils connaissent les risques chez les patients âgés grâce aux recommandations diffusées par la Haute Autorité de santé. Pourtant, la pratique de prescription varie beaucoup d’un médecin à l’autre.

En tenant compte des différences de sexe, d’âge, de mortalité et de pathologies de leurs patients, certains médecins généralistes affichent seulement 10 % de prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines en 2015, tandis qu’elles dépassent 30 % chez d’autres confrères.

Les médecins qui ont les taux de prescription les plus élevés et qui conservent ce niveau dans le temps (entre 2015 et 2022) sont plus âgés et plus souvent des hommes. Au contraire, les médecins femmes réduisent plus souvent leurs prescriptions, quel que soit leur niveau initial de prescription.

Concernant la différence de prescription selon l’âge des médecins, l’argument avancé est que la proximité avec l’âge des études explique un meilleur respect des recommandations de bonne pratique, et donc une meilleure prescription. Les plus jeunes médecins prescrivent donc mieux que les médecins plus âgés. Pour la différence liée aux genres, les femmes médecins semblent accorder une attention particulière au respect des recommandations de bonnes pratiques.

Un point à souligner est que certaines populations vulnérables, comme les personnes atteintes de troubles psychiques ou de maladies neurodégénératives, ne bénéficient pas de la baisse de prescription observée entre 2012 et 2022, contrairement aux personnes âgées atteintes d’autres pathologies.

De plus, pour ces patients, les niveaux de prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines sont déjà parmi les plus élevés, compris entre 30 % et 50 %. Or, ils peuvent avoir une capacité réduite à consentir à ces traitements.

La relation médecin-patient-aidant influe sur la décision de prescrire

Avec la dégradation de l’état de santé des personnes âgées et l’apparition de maladies neurodégénératives, telles que la maladie d’Alzheimer, le maintien à domicile repose le plus souvent sur la présence d’aidants familiaux, qui sont amenés à coordonner les soins de leurs proches.

Ils prennent en charge les rendez-vous médicaux, participent aux consultations et aident à la prise des médicaments. Ils jouent aussi un rôle clé en transmettant au médecin des informations précieuses sur l’état de la personne âgée, par exemple sur l’anxiété, les troubles du sommeil et les troubles comportementaux associés à l’évolution de la maladie.

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Nos travaux révèlent que la présence d’un aidant familial pour les démarches médicales est associée à une augmentation de la probabilité de recevoir des prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines à longue durée d’action (+ 21,7 points).

Les prescriptions sont plus fréquentes quand l’aidant partage, et donc observe, le quotidien de la personne âgée, parce qu’il est en couple ou cohabite avec elle. Le médecin, bien qu’informé de la nocivité des benzodiazépines, peut être amené à en prescrire lorsqu’aucune alternative n’apparaît envisageable face à des situations d’urgence décrites par l’aidant familial, qui appellent une décision immédiate.

Ces situations d’urgence peuvent prendre plusieurs formes : agitation nocturne intense qui peut conduire la personne âgée à chercher à sortir du domicile et mettre ainsi sa sécurité en jeu, une insomnie totale sur plusieurs nuits qui épuise à la fois la personne âgée et l’aidant, une agressivité soudaine se traduisant verbalement ou physiquement, mettant en difficulté l’aidant qui ne parvient plus à gérer la situation.

Si la relation médecins-aidants-patients a une influence sur la prescription de benzodiazépines, notre étude révèle que l’entrée des personnes âgées en Ehpad est elle aussi associée à un risque de prescription inappropriée.

Les prescriptions potentiellement inappropriées augmentent à l’entrée en Ehpad

L’entrée en établissement d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad) constitue une période de transition souvent difficile pour les personnes âgées, en particulier celles atteintes de troubles neurodégénératifs.

En France, près d’un résident sur deux en Ehpad présente une prescription potentiellement inappropriée de benzodiazépines. Cette fréquence élevée s’explique par plusieurs facteurs indépendants de l’établissement, tels que l’état de santé souvent dégradé des résidents, ainsi que par les pratiques de prescription des médecins.

À l’admission, certains résidents conservent leur médecin traitant, tandis que d’autres en changent, notamment pour s’adapter à l’organisation de l’établissement ou en raison de l’éloignement géographique avec leur médecin d’origine. Or, les médecins peuvent avoir avoir différentes façon de prescrire, leurs caractéristiques (âge, sexe, exercice solitaire ou en groupe notamment) peuvent avoir un impact important sur leurs prescriptions.

Toutes choses égales par ailleurs, la probabilité de recevoir des prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines augmente de dix points après l’entrée en Ehpad.

Cette hausse est principalement portée par les prescriptions chroniques d’anxiolytiques, en lien avec l’apparition ou le renforcement des troubles anxieux à l’occasion de l’admission en Ehpad qui constitue une période très perturbante pour les personnes âgées.

Soulignons toutefois que l’impact de l’admission varie selon le type d’établissement : l’augmentation des prescriptions inappropriées est en effet plus limitée dans les Ehpad du secteur public hospitalier. Par ailleurs, les prescriptions de benzodiazépines sont moins fréquentes dans les établissements où la proportion d’infirmières au sein du personnel soignant est plus élevée. Lesdites infirmières, notamment l’infirmière cadre, jouent un rôle central de coordination des soins médicaux, notamment avec les médecins traitants de ville responsables du suivi médical des résidents.

Mieux informer, et de développer des alternatives non médicamenteuses

On l’a vu, une forte hétérogénéité de prescription persiste selon l’âge et le genre des praticiens. Ce constat plaide pour un renforcement de l’information sur la nocivité des benzodiazépines à destination de l’ensemble des médecins généralistes, afin de mieux les sensibiliser à cette problématique.

Plus largement, il conviendrait d’informer l’ensemble de la population française aux risques liés à l’usage prolongé des benzodiazépines. Cette information permettrait de sensibiliser aussi les aidants familiaux, qui n’ont souvent pas conscience des conséquences négatives de ces prescriptions pour la personne aidée, et qui considèreraient différemment ces prescriptions s’ils en connaissaient les effets sur le long terme.

Un autre levier d’action est de privilégier en première intention les approches non médicamenteuses. Ces alternatives sont déjà disponibles : l’adaptation du logement de la personne âgée (barres d’appui, tapis antidérapant…) pour faciliter ses déplacements et ainsi réduire l’anxiété liée à la peur de tomber ; la pratique d’une activité physique adaptée permettant la relaxation, le recours au psychologue ou à des thérapies cognitivocomportementales pour réduire l’anxiété.

Cependant, face à la diversité des alternatives thérapeutiques non médicamenteuses existantes, une labellisation des alternatives à l’efficacité scientifiquement démontrée apparaît nécessaire, afin de faciliter leur prescription par les médecins.

Enfin, dans les Ehpad, une évaluation systématique des traitements médicamenteux dans les six mois qui suivent l’entrée dans l’établissement, et une diffusion de la culture gériatrique au-delà des Ehpad publics hospitaliers, constitueraient deux pistes d’amélioration pour freiner les prescriptions potentiellement inappropriées de benzodiazépines.

Sylvain Pichetti, dans le cadre de son activité de chercheur à l'Irdes a reçu des financements de l'Institut pour la Recherche en Santé Publique (Iresp) dans le cadre de réponse à appels à projets.

Anne Penneau et Marc Perronnin ne travaillent pas, ne conseillent pas, ne possèdent pas de parts, ne reçoivent pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'ont déclaré aucune autre affiliation que leur poste universitaire.

Si les pesticides ont longtemps assuré la protection des cultures, leurs effets délétères sont aujourd’hui largement documentés. Réduire cette dépendance est devenu une urgence sanitaire, environnementale et économique. Les stratégies de lutte contre les ravageurs intègrent aujourd’hui de nouvelles techniques innovantes. L’analyse de la situation en France et au Brésil livre un éclairage croisé sur cette question.

La protection des cultures est un enjeu majeur pour l’agriculture et pour la société au sens large. Elle permet de garantir une production suffisante en qualité et en quantité, tout en assurant des revenus à tous les acteurs des chaînes d’approvisionnement, des agriculteurs aux distributeurs.

Au cours des dernières décennies, la protection des cultures a reposé sur l’efficacité des pesticides de façon accrue. Dans le même temps, leurs effets négatifs sur la santé humaine, sur la qualité de l’eau, de l’air et sur la biodiversité sont de mieux en mieux documentés. Au plan économique, ces effets peuvent être considérés comme des coûts cachés pour la société. De plus, ces effets négatifs privent les agriculteurs de services écosystémiques précieux rendus par des sols en bonne santé.

À l’échelle mondiale, le recours aux pesticides peut également virer au casse-tête géopolitique, en fonction des pays où ils sont autorisés ou interdits. L’accord UE-Mercosur a récemment illustré les tensions que peuvent susciter des importations de produits traités avec des pesticides interdits dans les pays membres de l’Union européenne (UE), créant, de fait, des distorsions de concurrence entre les États.

Il apparaît donc urgent de façonner la protection des cultures de façon à alléger la dépendance des systèmes agricoles envers ces produits. Et si on adoptait un nouveau paradigme pour la protection des cultures, notamment inspiré par l’agroécologie et tenant davantage compte des nouveaux risques climatiques ? Des regards croisés sur la situation en France et au Brésil peuvent éclairer la question.

Mieux vaut prévenir que guérir

La lutte intégrée (ou protection intégrée) des cultures est un concept riche, établi depuis les années 1970. L’idée est de combiner des exigences écologiques, économiques et sanitaires.

Dans l’UE, la règle est de n’utiliser de produits chimiques phytopharmaceutiques qu’à la dose la plus faible possible (principes 5 et 6 du schéma ci-dessous) pour maintenir la présence des organismes nuisibles en dessous d’un seuil où les dommages ou pertes économiques deviennent inacceptables à court terme pour l’agriculteur. Pour limiter l’usage et l'impact de ces pesticides, il est donc essentiel d’enrichir la liste des alternatives aux pesticides (principe 4).

Cette approche implique qu’il est préférable d’agir en amont (principe 1) en mettant l’accent sur la prévention pour réduire au minimum la pression des maladies et des insectes. C’est une stratégie comparable à celle mobilisée en santé humaine, où il est recommandé d’avoir une hygiène de vie appropriée (sport, régime équilibré…) ou de se vacciner pour réduire le risque de maladies.

Cette stratégie de prophylaxie peut devenir active si, au cours de ses actions sur les cultures, l’agriculteur cherche à réduire le nombre de ravageurs. En diversifiant les moyens de lutte, cette stratégie permet également de limiter l’émergence de résistances chez les ravageurs. En effet, ces résistances apparaissent d’autant plus vite que les stratégies sont peu diversifiées.

L’utilisation de cultures de couverture, par exemple, est intéressante pour occuper l’espace au sol et éviter l’installation de mauvaises herbes. C’est d’autant plus pertinent dans les systèmes agricoles tropicaux, où la pression de sélection naturelle est plus élevée du fait des conditions de chaleur et d’humidité, et où ces résistances ont donc tendance à apparaître plus rapidement.

Associées à d’autres stratégies de gestion, les cultures de couverture sont donc un élément clé pour améliorer à la fois la qualité des sols, la productivité et la durabilité des systèmes agricoles.

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Microbiote végétal, paysages olfactifs… de nouveaux  leviers

De nouvelles techniques innovantes ont vu le jour depuis la mise en place de ce paradigme.

L’une des plus connues s’appuie sur l’agroécologie et la diversification des cultures, et mobilise des services écosystémiques largement documentés par la recherche. Cela peut par exemple passer, au Brésil, par des rotations plus longues, des cultures en mélanges, ou encore par des cultures intermédiaires de maïs, sorgho, mil ou sésame pour optimiser la culture du soja.

La sélection variétale est un autre levier crucial pour améliorer la valeur agronomique des cultures. La recherche de résistances génétiques aux champignons, aux virus et, dans une moindre mesure, aux bactéries et aux insectes, a été – et est toujours au cœur – des programmes de sélection.

Demain, cette approche pourra bénéficier des progrès réalisés dans le domaine de l’édition génétique : il est ainsi envisageable de stimuler, chez l’espèce cultivée, des gènes de résistance actifs chez des espèces étroitement apparentées, ou d’en réactiver d’autres qui auraient été contournés pendant l’évolution. Cela pose évidemment de nouvelles questions (propriété intellectuelle, cadre éthique, etc.) à ne pas sous-estimer.

Au cours des dernières années, l’existence d'un microbiote végétal a aussi été mise en évidence sur les graines, les feuilles, les racines et même à l’intérieur des tissus végétaux. Ces microbiotes jouent un rôle clé dans la nutrition des plantes, en facilitant l’échange de nutriments avec le sol, et dans leur protection contre les bioagresseurs. Il s’agit d’une perspective intéressante pour développer des solutions de biocontrôle alternatives aux pesticides.

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Poursuivons avec les composés organiques volatils (COV) émis dans l’environnement, qui conditionnent le comportement des insectes (recherche alimentaire ou de partenaires sexuels, par exemple). Ces signaux olfactifs sont un nouvel axe de recherche pour lutter contre les ravageurs.

Cette stratégie a l’avantage de présenter peu d’effets indésirables, car les COV sont très spécifiques. Ils peuvent par exemple être utilisés pour induire une confusion sexuelle qui limite la reproduction d’une espèce particulière d’insectes, les attirer dans un piège voire les éliminer grâce à un gel contenant les COV et un insecticide qui sera dès lors utilisé en très faible quantité par rapport à une application classique.

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Ces stratégies de prévention en amont doivent, bien sûr, être pensées à l’échelle du paysage et être coordonnées entre les acteurs d’une zone géographique. Elles peuvent enfin être combinées à un dépistage plus précis des potentielles proliférations. Grâce aux outils de surveillance et d’aide à la décision (principes 2 et 3), on peut ainsi adapter la solution curative à mobiliser le cas échéant.

Une telle transition requiert un niveau élevé de coordination entre tous les acteurs du système agricole. Et ceci à tous les niveaux, des agriculteurs aux chaînes d’approvisionnement. Actuellement, près de 80 % des mesures mises en œuvre dans les plans d’action nationaux ciblent directement les agriculteurs. Les politiques publiques pourraient, à cet égard, mieux répartir l’effort de transition. La protection des cultures n’est pas seulement une question pour les agriculteurs : c’est un bien commun pour la société au sens large.

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Ce que disent les chiffres au Brésil et en France

La comparaison entre le Brésil et la France, situés dans des climats différents et avec des contextes sociopolitiques différents, est, à cet égard, instructive.

En France, au cours des quinze dernières années, les produits utilisés en protection des cultures ont fortement évolué, sous le triple effet de la réglementation encadrant le retrait de substances actives, en particulier les cancérigènes, mutagènes, reprotoxiques (CMR), des politiques publiques (plans Écophyto notamment) et de l’innovation. On utilise désormais moins de CMR et davantage de produits utilisables en agriculture biologique et/ou basés sur le biocontrôle.

Au Brésil, les ventes de pesticides (hors produits autorisés en agriculture bio et pour le biocontrôle) s’élevaient encore à 755 400 tonnes en 2023 – dont près de 50 % de glyphosate, un chiffre en timide baisse de 5,6 % par rapport à 2022.

Or, la France utilise actuellement 2,9 kg de substances actives par hectare de surface ensemencée, contre 7,78 pour le Brésil. Ces différences s’expliquent en partie par les surfaces agricoles cultivées (hors prairies) : 14 millions d’hectares pour la France, contre 97 pour le Brésil. Il faut aussi tenir compte du fait que la plupart des terres cultivées au Brésil donnent lieu à deux cultures par an, ce qui est plus rare en France.

Toutefois, le secteur des « biointrants » (produits d’origine naturelle ou organismes vivants) progresse rapidement au Brésil, qui les utilise depuis les années 1960. Ce marché s’est établi plus tardivement en France mais progresse également rapidement. Les biointrants peuvent être utilisés en agriculture biologique ou, dans certains cas, combinés à des pesticides dans le cadre des programmes de lutte intégrée contre les ravageurs, que l’on a présentés plus haut.

À l’échelle mondiale, le marché des agents de biocontrôle et des biostimulants (intrants biosourcés permettant d’améliorer les productions végétales) était, en 2025, estimé à 11 milliards de dollars (9,2 milliards d’euros), dont 7 milliards (5,9 milliards d’euros) pour le biocontrôle, avec des taux de croissance annuels estimés de 10,5 à 15,6 % (selon les secteurs) jusqu’en 2035. En 2035, ce marché pourrait atteindre environ 41 milliards de dollars (34,5 milliards d’euros), dont 30 milliards (25,2 milliards d’euros) pour le biocontrôle.

La mobilisation de la prophylaxie et les nouvelles options de biocontrôle seront-elles de nature à remettre en cause l’omniprésence des pesticides ?

Cet article est publié dans le cadre de la Conférence FARM 2026 – Repenser la protection des cultures : agir collectivement pour le vivant, qui se tient le 17 février 2026 à la Cité internationale universitaire de Paris et dont The Conversation France est partenaire.

Christian Huyghe a reçu des financements de l'ANR et de l'Union européenne (H2020, Life-PLP, COST action).

Decio Karam est membre de Association Brésilienne du Maïs et du Sorgho, ; Conseil Scientifique de l’Agriculture Durable (CCAS)

Notre ADN est composé d’un enchaînement de quatre petites molécules appelées « acides nucléiques » et dénotées par les lettres A, C, G, et T. Parfois, une mutation génétique a lieu et affecte notre santé. Une simple modification dans la grande séquence de lettres qui constitue notre génome peut suffire à affecter l’expression des gènes ou les versions des protéines produites à partir de ces gènes.

Mais on ne sait pas, à l’heure actuelle, expliquer systématiquement comment telle ou telle mutation génétique peut avoir tel ou tel effet. C’est la question à laquelle AlphaGenome, le nouveau logiciel d’intelligence artificielle présenté dans la revue Nature par Google, tente de répondre.

AlphaGenome analyse un million d’acides nucléiques à la fois, et prédit, pour chacun d’eux, des milliers de quantités, qui sont autant de facettes de la régulation de nos gènes pour façonner nos tissus et nos organes.

Coupler un tel niveau de résolution avec un contexte aussi long (un million de lettres !) et prédire autant d’aspects de la régulation du génome relève du tour de force. Cependant, ce nouvel opus de la série Alpha de DeepMind ne représente pas une avancée aussi spectaculaire qu’AlphaGo ou AlphaFold, par exemple.

AlphaGenome affine une approche existante, déjà implémentée dans Enformer et Borzoi, deux modèles d’apprentissage profond développés chez Google qui ont fait leurs preuves. Il améliore, d’une part, leur efficacité par des optimisations techniques et, d’autre part, leur pertinence, en modélisant plus finement la complexité des processus génétiques.

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Pourquoi cette avancée est importante

L’enjeu de ce travail est de taille pour la santé humaine. Les bases de données génomiques de populations humaines recensent près de 800 millions de variations ponctuelles – c’est-à-dire des changements portant sur une seule lettre du code génétique – dont l’impact sur notre santé reste largement inexploré. Identifier quelles sont celles qui sont à l’origine de maladies ou de dysfonctionnements, et comprendre leurs mécanismes d’action, est crucial.

Par exemple, dans certaines leucémies, une mutation d’un seul acide nucléique active de manière inappropriée un gène bien spécifique. AlphaGenome confirme le mécanisme déjà connu de cette activation aberrante : la mutation permet à un régulateur génétique de s’accrocher au gène, et modifie les marques épigénétiques alentour.

Ainsi, en unifiant plusieurs dimensions de la régulation génétique, AlphaGenome s’impose comme un modèle de fondation, c’est-à-dire un modèle générique qui peut être transféré ou appliqué facilement à plusieurs problèmes.

Quelles sont les suites de ces travaux ?

Plusieurs limitations tempèrent néanmoins l’enthousiasme.

Par exemple, les prédictions sur différentes facettes d’un même processus biologique ne sont pas toujours cohérentes entre elles, révélant que le modèle traite encore ces modalités de façon relativement cloisonnée.

Le modèle peine aussi à capturer la « spécificité tissulaire », c’est-à-dire le fait qu’un même variant génétique peut être délétère dans un tissu et neutre dans un autre.

De plus, il reste difficile de quantifier l’ampleur de l’effet d’une mutation.

Enfin, AlphaGenome prédit des conséquences moléculaires, pas des symptômes ni des diagnostics – or, entre une variation d’ADN et une maladie, il reste énormément de travail pour comprendre les relations entre ces différents niveaux ; et il n’a pas encore été validé sur des génomes individuels – un passage obligé pour toute application en médecine personnalisée, où l’enjeu serait d’interpréter le profil génétique unique d’un patient pour prédire sa susceptibilité à certaines maladies ou adapter son traitement.

Au-delà de ces enjeux pour la santé humaine, comment transférer cette connaissance à la biodiversité dans son ensemble ? AlphaGenome dépend en effet de mesures expérimentales, accessibles en abondance uniquement pour une poignée d’espèces (l’humain et quelques organismes modèles). Une autre famille de modèles pourrait ici jouer un rôle complémentaire : les « modèles de langage génomique », qui fonctionnent un peu comme ChatGPT mais pour prédire la suite d’une séquence d’ADN plutôt que la suite d’une phrase. Ces modèles, entraînés sur des millions de séquences génomiques, peuvent ainsi capturer les règles et les motifs conservés au cours de l’évolution, ce qui permet de déchiffrer des génomes inconnus.

Rien de tout cela n’existerait sans les grandes bases de données publiques et le travail cumulé de la recherche académique et des consortia ouverts, qui ont produit, standardisé et partagé les données nécessaires à l’entraînement de ces modèles. La suite logique est claire : la science doit rester ouverte, au service de la société. L’équipe d’AlphaGenome a rendu le code et les poids publiquement accessibles, et propose une interface facilitant l’adoption par la communauté scientifique. Reste à voir comment celle-ci s’emparera de cet outil : sera-t-il utilisé comme une « boîte noire » pratique, ou inspirera-t-il un véritable changement de paradigme en génomique computationnelle ?

Cet article a bénéficié de discussions avec Arnaud Liehrmann, post-doctorant au laboratoire de Biologie computationnelle, quantitative et synthétique.

Tout savoir en trois minutes sur des résultats récents de recherches commentés et contextualisés par les chercheuses et les chercheurs qui les ont menées, c’est le principe de nos « Research Briefs ». Un format à retrouver ici.

Elodie Laine est membre junior de l'Institut Universitaire de France. Elle a reçu des financements de l'Agence Nationale de la Recherche (ANR, France 2030, PostGenAI@Paris, ANR-23-IACL-0007) et de l'Union Européenne (ERC, PROMISE, 101087830). Les points de vue et opinions exprimés sont toutefois ceux des auteurs uniquement et ne reflètent pas nécessairement ceux de l'Union européenne ou du Conseil européen de la recherche. Ni l'Union européenne ni l'autorité octroyant la subvention ne peuvent en être tenus responsables.

Julien Mozziconacci est professeur au Muséum National d'Histoire Naturelle et membre junior de l'Institut Universitaire de France. Il a reçu des financements de l'Agence Nationale de la Recherche (ANR, France 2030, PostGenAI@Paris). Les points de vue et opinions exprimés sont toutefois ceux des auteurs uniquement et ne reflètent pas nécessairement ceux des instituts qui les ont financés.